叙述因为地球的地轴变动，造成全世界三分之二人类死亡的大灾难，南极的冰层也因此溶解，使得1万2千年前灭亡的亚特兰帝亚重见天日，生有双翼的“堕天使族”也同时复苏。
复苏的堕天使族为了吸取人类的生物能量，因此派出了许多生物机械武器“神话兽”捕捉人类。为了对抗堕天使族的威胁，人类借着由遗迹中发掘的传说武器——3 台称作“Vector Machine”的战机，合体为“机械天使 Aquarion”来抵抗神话兽的侵袭。因为这些武器需要由具备敏锐五感与纯真灵魂的人类来驱动，因此特别组织了专责机构“DEAVA”，聚集了许多能与传说武器共鸣的少年少女机师。
